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招收国内外计算生物物理化学领域的访问学者、博士后及博硕研究生
文章来源:本站原创       更新时间:2009年09月22日

 

一、研究方向

计算生物学研究:从事对多尺度微观生物体系的模拟和计算方法的研究。目前主要涉及分子静电、反应扩散、复杂分子溶液体系的物理化学性质、分子表面网格产生与可视化方面的建模、算法研究与实现、及应用研究,如离子通道及胞内离子分子的输运。同时也发展和应用分子动力学模拟技术进行生物分子的结构、动力学及功能关系的研究(个人网页http://lsec.cc.ac.cn/~lubz/)。

 

开发或合作开发的应用程序:

1AFMPB adaptive fast multipole Poisson-Boltzmann 静电计算程序,发展了“node-patch 边界元方法并结合自适应快速多极矩方法,为目前单CPU上求解(线性) PB方程的最快速的计算程序,并实现了在台式机上处理PDB (蛋白质数据银行)中最大的生物分子的可能性。源程序将公布。

2PNP solver, FETK有限元程序包的基础上开发的求解Poisson-Nernst-Planck方程及其若干扩展形式的程序,包括非线性PB方程,扩散方程,及其完全耦合的非线性偏微分方程组。进行实时实形(真实分子几何)模拟电扩散过程和计算复杂分子-溶液相互作用体系的物理化学性质。

具备若干常用的分子动力学模拟计算软件包,如AMBER, APBS, GROMACS, CHARMM, UHBD, NAMD, GROMOS, GAUSSIAN等。

 

二、 研究所简介

计算数学所是中国科学院科学与工程计算国家重点实验室的挂靠单位,具备较强的计算数学研究队伍,一流的科研条件和丰富的计算机软硬件资源(一个512节点的计算机群,一个SGI O3800超级服务器和若干工作站。除此之外,若有必要,本实验室也会尽量为组内工作人员配备所需要的高端计算机设备。

 

三、 待遇及其它

国内外访问学者/学生、博士后、研究生待遇可参考本所或数学与系统科学研究院的有关规定。

访问学者也可申请本所的国家重点实验室开放课题,请参考http://lsec.cc.ac.cn/chinese/lsec/indexcn.html

另有教育部“中国科学院接收国内高校博士生访学 ”的项目申请。

 

四、博士硕士考试科目

(见 院网页:http://www2.amss.ac.cn/yjsb/mysite3/new_page_2.htm

硕士:学科专业:计算数学;研究方向:生物计算与模拟。考试科目:①政治 ②英语 ③数学分析 ④高等代数(有关试题大纲、要求等信息见数学院网页)   

博士:学科专业:计算数学;研究方向:生物计算与模拟。考试科目:①英语 ②分析与代数 ③数值计算方法( ②和所里其它大多方向考的相同。③ 侧重于从应用角度考查对一般数值计算方法的基本了解,大致包括的内容会有:线性代数及其大系统的迭代解法、插值、积分微分数值方法、傅立叶变换、以及一般偏微分方程的数值方法如有限差分、边界元、有限元。参考书籍没有确定,可以参考计算数学在科学和工程中的应用例子,或计算物理和材料等方面的书籍)

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联系人:卢本卓

  话:086-10-62626492

Emailbzlu@isec.cc.ac.cn

 址:北京中关村东路55号中国科学院计算数学研究所

 码:100190

 

中科院计算生物物理化学方向博士后招聘

 

中国科学院计算数学与科学工程计算研究所具备国内领先的计算机软硬件资源,一流的科研设施和条件。2008引进的中科院百人计划研究员卢本卓课题组现拟招聘计算生物物理化学方向的博士后研究人员,欢迎应聘。

    
一、研究方向
   
从事生物分子体系的模拟和计算模型与方法的研究及平台搭建,这是一个高度交叉的研究领域。目前主要涉及分子静电、反应扩散、溶液体系的相互作用与结构方面的算法、程序设计及应用研究,如蛋白相互作用、离子溶液、离子通道及胞内离子分子的输运等。同时也发展和/或应用分子动力学模拟技术进行生物分子的结构、动力学及功能关系的研究(个人网页http://lsec.cc.ac.cn/~lubz/)。

    
二、招聘条件

1、有博士学位;

2、对本领域有较强的兴趣,并具备较强的任一相关学科方面的背景,如物理、计算数学、编程、计算化学/生物、或任何其它相关领域;有相关工作经验者优先。

3、具备英文科技论文撰写能力。

另外需满足计算数学所的要求(见http://lsec.cc.ac.cn/chinese/icmsec/postdocs1.html):在国内或国外新近获得博士学位;尚未安排固定工作或未到原工作单位报到;品学兼优,身体健康;年龄在40周岁以下。

    
三、聘用待遇
    
工资、社保及住房按国家及本所规定的标准执行 (另有科学院博士后项目可申请);

    
四、应聘材料

1、一份简短的研究兴趣与计划(一页左右);

2、简历; 

3、两个推荐人的姓名及联系信息;

4、(若有)其他相关证明材料。
    
以上材料请寄()下述地址。

    
五、联系方式

联系人:卢本卓

Email bzlu@isec.cc.ac.cn

 :北京中关村东路55号中国科学院计算数学研究所

 100190

 

 

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